PRI gaat DNA veroorzaker aardappelwratziekte ontrafelen

Onderzoekers van Plant Research International (PRI), onderdeel van Wageningen UR, en de divisie Plant van de nieuwe Voedsel en Waren Autoriteit (nVWA) zijn in staat om DNA te isoleren van de bodemschimmel Synchytrium endobioticum, de veroorzaker van wratziekte bij aardappelen.

Deze parasitaire schimmel kan niet zonder levende gastheer voortbestaan, wat het verkrijgen van DNA uit de schimmel tot nu toe erg lastig maakte. De schimmel kan immers niet op een voedingsbodem worden gekweekt. PRI heeft nu een protocol ontwikkeld waardoor DNA geïsoleerd kan worden uit de wratten, die op de door wratziekte aangetaste aardappelen ontstaan. Zo kan het genoom van Synchytrium endobioticum in kaart worden gebracht. Dit is een belangrijke stap voorwaarts in het onderzoek naar de duurzame bestrijding van wratziekte bij aardappel.

Quarantaineorganisme

Wratziekte is een grote bedreiging in de aardappelteelt, omdat eenmaal besmette percelen langdurig besmet kunnen blijven en de teelt- en exportmogelijkheden van aardappelen en voortkwekingsmateriaal sterk worden beperkt. In bijna alle landen in de wereld is wratziekte daarom een zogenaamde ‘quarantaineziekte’, ook in Nederland, waarvoor strenge wettelijke regels gelden. Als wratziekte op een perceel in Nederland wordt aangetroffen, dan is de aardappelteelt op het besmette perceel zelf verboden. Bovendien mogen in een bufferzone rondom de besmetting alleen volledig resistente rassen worden geteeld. Symptomen op aardappel zijn de op ‘bloemkoolstronkjes’ lijkende wratten.

Isoleren van het DNA 

Onderzoekers van de nVWA hebben één isolaat van de Synchytrium endobioticum-schimmel uitgekozen en hier aardappels mee besmet. De vervolgens ontstane wratten zijn van de aardappels gesneden, waarna Plant Research International uit de wintersporen (overlevingsstructuren van de schimmel aanwezig in de wratten) DNA heeft geïsoleerd. Dit nieuwe protocol levert een vrij zuiver DNA-extract van de schimmel op, waarin nog slechts weinig DNA van de aardappel zelf zit. Dit maakt de vervolgstap, het ontrafelen van de complete DNA-volgorde, gemakkelijker en dus sneller en goedkoper. Er hoeft immers minder DNA onderzocht te worden.

Stap voorwaarts in bestrijding wratziekte

Naar verwachting is de genoomsequentie over drie a vier maanden beschikbaar. Dit levert veel nuttige informatie over de Synchytrium endobioticum-schimmel op, bijvoorbeeld waarom hij niet zonder gastheer kan en waarin hij verschilt van andere schimmels. Informatie die een grote stap voorwaarts betekent in het onderzoek naar de bestrijding van wratziekte en de ontwikkeling van moleculaire toetsen om verschillende vormen van wratziekte te onderscheiden. Dit kan leiden tot een meer duurzame productie van aardappel.

Video gerelateerd aan dit onderwerp